Muzeul Judeţean Argeş are o tradiţie în cooperarea, ca parte contractantã, cu Institutul de Biologie al Academiei, Societatea româno-canadiană AGRA Earth & Environmental S.C. AGRARO Consult Bucureşti, Consiliul Judeţean Argeş, S.C.”PROIECT ARGEŞ” S.A., S.C. ROMPROIECT S.A. Piteşti, World Wide Fund for Nature International – Danube-Carpathian Programme (hereafter „WWF-DCP”), Ministerul Mediului, S. C. „INTERDEVELOPMENT” S.R.L., Programul Europeaid/121260/D/SV/RO Implementation of NATURA 2000 Network in Romania. Relaţiile cu organizaţiile şi companiile menţionate s-au bazat pe programe finanţate/coordonate de Academia Română, WWF, Ministerul Culturii, Ministerul Mediului, Consiliul Judeţean Argeş, AGRAL etc. Acţiunile derulate în cadrul acestor programe au fost: asistenţă tehnică, studii de evaluare, realizarea de clurări cu caracter monografic ale unor personalităţi, localităţi sau instituţii, monitorizarea integrată a mediului, statistică pentru mediu, evaluări arheologice, descărcări de sarcină arheologică etc. Muzeul Judeţean Argeş are o colaborare deosebitã cu Institutele Academiei Române (Institutul de Istorie „Nicolae Iorga”, Institutul de Arheologie „Vasile Pârvan”, Institutul de Biologie), cu universitatile din Piteşti, din ţară si din străinătate, atât prin contracte de cercetare, cât şi prin faptul că anual, studenţi ai acestora îşi desfăşoară activitatea didactică şi de practicã în expoziţiile şi laboratoarele muzeului. Unii dintre cercetătorii muzeului predau cursuri de botanică, zoologie, protecţia mediului, monitoring integrat, conservarea biodiversităţii, istorie etc. la Facultatea de Ştiinţe-catedra de Biologie-Horticultură Ecologie şi Protecţia Mediului, la Facultatea de Istorie şi la Facultatea de Jurnalism din cadrul Universităţii din Piteşti. În prezent, Muzeul Judeţean Argeş participã la propuneri de proiecte în cadrul unor programe internaţionale FP7, cooperări bilaterale, precum şi în cadrul unui proiect CEEX.
